20XX. Eine Meganuklearkatastrophe hat Japans einstige Hauptstadt Tokio verwüstet und verstrahlt und zur größten Geisterstadt der Erde gemacht. Normale Menschen können in der stark radioaktiv kontaminierten Umgebung nur mit spezieller Schutzkleidung und Atemmasken überleben. 20 Jahre nach dem Desaster gibt es noch immer einige Personen in der Stadt. Eine militärische Sondereinheit versucht diese letzten Überlebenden ausfindig zu machen und zu bergen. Die Mädchen Ibara, Taeko und Aoi sind Mitglieder dieser Sondereinheit. Äußerlich unterscheiden sich die drei nicht von normalen Schulmädchen, doch eine genetische Manipulation hat sie immun gegen die Strahlung gemacht. Ibara, Taeko und Aoi sind „Coppelions“.