Oberschüler Shido Itsuka trifft während eines rätselhaften Weltraumbebens auf ein mysteriöses Mädchen. Sie gehört zu den "Geistern", die durch ihre Ankunft auf der Erde zerstörerische Raumbeben auslösen, wie sie vor 30 Jahren mehr als 150 Millionen Menschen das Leben kosteten. Unmittelbar danach wird Shido von der Geheimorganisation „Ratatoskr“rekrutiert, die Geistermädchen zu bekämpfen. Doch um die Kräfte eines Geistes zu versiegeln, muss er sie dazu bringen, sich in ihn zu verlieben ...!