In der Zeit am Ende des Shogunats wurde er zu einem grausamen Geist ohne Seele. Sein vollständig mit Bandagen verhüllter Körper zeugt davon, wie Makoto Shishio einst in Flammen stand. Nun will er Japan in die Dunkelheit stürzen und eine Welt erschaffen, in der nur die Starken überleben. Um das zu verhindern, macht sich Kenshin Himura auf den Weg nach Kyoto. Unterwegs begegnet ihm die junge Ninja Misao Makimachi, die bereits auf der Suche nach dem legendären Schwertkämpfer war. Gemeinsam reisen sie weiter und treffen Shishio.